分散バージョン管理システムGitのEclipseプラグイン、EGitを最近使い始めた。
…が、どうやら自分が使ってたEGitのバージョンが古いもの(確か0.4.9。アンインストールする前にメモするべきだった…)だったようで、マージが出来なかった。

ということでこちらのサイトに掲載してあるURLから最新版をインストールするのが良いみたいです。
こちらだとマージできるし、UIもグラフィカルでおトクな感じ。